Der YubiKey unterstützt mehrere Authentifizierungsprotokolle, sodass ein einziger Token für VPN, Codesignaturen, Laufwerksverschlüsselung und die Authentifizierung bei Hunderten von Service- und Softwareanbietern eingesetzt werden kann. Im Gegensatz zur Zwei-Faktor-Authentifizierung mithilfe von SMS oder Mobile Push ist beim YubiKey für die sichere Anmeldung weder eine Softwareinstallation noch eine Netzwerkverbindung oder ein Mobiltelefon erforderlich.